Kuşadası'nın ne zaman ve kimler tarafından kurulduğu kesin olarak bilinmemekte ise de, Kuşadası yakınında Yılancı Burnu denilen yerde, Efes'e bağlı "Neopolis" ismi ile İyonlar tarafından kurulduğu sanılmaktadır.

Şehir daha önce, Pilav Dağının eteklerinde, "Andız Kulesi" denilen yerde kurulmuştur. Bir müddet sonra Bizanslılara ait olan bu kıyılara Venedik ve Cenevizliler, ekonomik bakımdan egemen olmuşlardır.

Ulaşım güçlükleri nedeni ile Kuşadası; Andızkulesi mevkiinden alınarak bugükü yerinde "Yeni iskele" ismi ile kurulmuştur.

Kuşadası'nın adını verdiği Kuşadası Körfezi ve yakın çevresi ilk çağlardan bu yana çeşitli uygarlıkları barındırmış sanat ve kültür merkezleri ile bilinmektedir.

M.Ö. 3000 yıllarında Lelegler, M.Ö. ll. Yüzyılda Aeolyalılar, M.Ö. 9. Yüzyılda İonlar bölgede hakim olmuşlardır. Büyükmenderes ve Gediz ırmakları arasında kalan alan antik çağlarda "İonya" adını alır. Tüccar ve denizci olan İonlar denizaşırı ticaretle kısa zamanda zenginleşmişler ve üstün politik güce sahip olmuşlardır. Tarihte "İon Kolonileri" adını alan 12 şehir kurmuşlardır.

Kuşadası, antik çağlarda Anadolu'nun Akdeniz'e açılan başlıca limanlarından biri idi. O devirde "Neopolis" adı ile anılıyordu.

M.Ö. 7. yy'da başkentleri Sardes olan Lidyalılar yöreye hakim olmuşlardır.

M.Ö. 546'da başlayan Pers hakimiyeti M.Ö. 334'de Makedonyalı Büyük İskender'in tüm Anadolu'yu ele geçirmesine kadar devam eder. Bundan sonra Anadolu'da Yunan Medeniyeti ile yerli Anadolu Medeniyetinin sentezi olarak yepyeni bir çağ, yepyeni bir sanat ve kültür anlayışı hakim olur ve Hellenistik Çağ adı ile anılır. Efes, Milet, Priene, Didyma bu devrin en ünlü şehirleridir.

M.Ö. 2.yy.'da Romalılar yöreye egemen olurlar. Hristiyanlığın ilk yıllarında, Meryem Ana'nın havarilerinden St. Jean ile Efes'e gelip yerieşmesiyle burası bir dini merkez haline gelir. Miletos da Hristiyanlık Çağında Piskoposluk merkezidir. Bizans Çağında "Ania" adı ile anılır. Kuşadası Ortaçağda korsanlar tarafından kullanılan bir liman olmuştur. 15.yy.'da Venedikliler ve Cenevizliler zamanında şehir "Scala Nova" adını alır.

1186'da ll. Kılıç Aslan'ın bölgeyi Selçuk Devletine katmasıyla Türk egemenliği başlar. Bölge, bu devirde kervan yollarının Ege'ye açılan bir ihraç kapısı olmuştur.

Selçuklu Devletinin yıkılmasından sonra bölgede Beylikler devri başlar. Bir süre Aydınoğulları hakim olur. 15. yy. ortalarında Osmanlıların egemenliğine girer.

Kuşadası, 1413 yılında 1.Mehmet (Çelebi) tarafından Osmanlı egemenliğine katılmıştır. Bu tarihten sonra , şehir tamamiyle Türklerin elinde kalmış ve Türklerin yaptığı eserlerle dolmaya başlamıştır. Bunlardan bugünkü Kervansaray ve Kuşadası'nı çeviren surlar , Mehmet Paşa tarafından yaptırılmıştır.

Surlarla çevrili şehre o zaman ancak üç kapıdan girilmekteydi. Bu kapılardan bir tanesi, Barbaros Hayrettin Paşa Caddesi ile Kahramanlar Caddesini birbirinden ayırmakta ve üst kısmı bugün İlçe Pasaport Amirliği olarak kullanılmaktadır. Diğer kapılar bugün mevcut değildir.

Küçükada, Bizanslılar için kıyıları koruyan bir ileri karakol idi. Venedikliler ve Osmanlılar tarafından şehir için önemli bir askeri üs görevini yapan Güvercinada, 1834 yılında esaslı bir imar görmüş, ünlü kalesi yapılmıştır. "Kuşadası" adı bu kaleden gelmektedir.

1954 yılına kadar İzmir İlinin bir ilçesi iken , bu tarihten sonra Aydın iline bağlanmış ve büyük bir gelişim göstermiştir.